免疫沉淀質譜（Immunoprecipitation-Mass Spectrometry, IP-MS）是研究蛋白質相互作用、揭示蛋白質作用機理的重要研究方法。基于液質聯用質譜（LC-MS）的蛋白鑒定，在多個科研領用中有著廣泛應用，可以對目標蛋白、蛋白混合物或相互作用蛋白進行鑒定。

其在蛋白研究中應用如下： （1）篩選目標蛋白未知互作蛋白時：通過IP捕獲“目標蛋白-結合蛋白”復合物，質譜可獲得復合物中蛋白鑒定列表； （2）確認目標蛋白存在方面：①在非編碼RNA翻譯蛋白研究中，IP捕獲樣本“預測目標蛋白”后，質譜驗證其存在性；②在蛋白表達研究中，則通過IP捕獲體外/體內表達的目標蛋白，質譜確認表達情況； （3）鑒定目標蛋白修飾位點時：IP捕獲樣本中目標蛋白，質譜可精準鑒定其修飾肽段及位點。

輝駿生物將為您介紹Co-IP方法制備的樣品進行蛋白鑒定的全流程方案。 

01  實驗原理

 蛋白質被酶解成肽段，進入質譜儀，被離子化而帶上電荷，檢測得到各肽段的質荷比（m/z），即一級質譜數據；肽段在質譜儀中被進一步破碎，得到各肽段碎片離子的質荷比（m/z），即二級質譜數據。用檢索軟件比對相應的蛋白數據庫，對質譜原始數據進行解析，導出蛋白的定性和定量數據。

圖1 IP-MS基本原理示意圖 

02  實驗步驟 

實驗大致流程：總蛋白提取→總蛋白與抗體孵育→proteinA/G磁珠與抗體結合→蛋白洗脫（變性/非變性）→質譜測序→數據分析

1 總蛋白提取

（1）培養(yǎng)目標細胞，待細胞生長至合適密度，收集細胞；

（2）用預冷PBS緩沖液清洗細胞2-3次，加入300-500 μL預冷的IP裂解緩沖液（輝駿貨號為：FI8101），在IP裂解液中預先加入3-5 μL蛋白酶抑制劑（輝駿貨號為：FI8105），現用現配；

（3）4℃混勻儀上裂解30 min；

（4）為了更充分裂解，最好冰上超聲至溶液基本澄清；如果無超聲條件，可置于冰上裂解30 min，期間每10 min渦旋混勻一次，每次5 s；

（5）4℃離心機12000 rpm離心15 min，收集上清至新的1.5 mL EP管中。

2 總蛋白與抗體孵育

（1）將余下蛋白樣本平分為IP實驗組、IP對照組，實驗組加入目標蛋白的IP級別抗體，對照組加入Normal IgG抗體（與實驗組抗體同源同型）；

（2）4℃孵育4 h或過夜。 

圖2 內源性蛋白Co-IP實驗分組圖

3 proteinA/G磁珠與抗體結合

（1）磁珠預處理：每組取25 μL proteinA/G磁珠（輝駿貨號為：FI8302），加入200 μL漂洗緩沖液（輝駿貨號為：FI8107），顛倒混勻30次； 

（2）放磁力架上靜置1 min，棄上清；

（3）重復上述洗滌步驟1次；

（4）向磁珠中加入蛋白樣本/抗體復合物，充分混勻，置于4℃混勻儀上孵育2 h；

（5）放磁力架上靜置1 min，棄上清，加入500 μL漂洗緩沖液，顛倒混勻30次； 

（6）放磁力架上靜置1 min，棄上清，重復上述洗滌步驟2次。

4 蛋白洗脫

4.1 變性洗脫 

（1）向磁珠中加入50 μL 1×SDS-PAGE上樣緩沖液進行洗脫，振蕩混勻后瞬離，95℃加熱5-10 min；

（2）放磁力架靜置1 min，收集上清至新的1.5 mL EP管中，進行上樣跑SDS-PAGE膠；

（3）將SDS-PAGE膠使用考染（MS效率更佳）或銀染（靈敏度更高），一般選擇考染；

（4）切膠條后可送輝駿生物進行質譜（MS）檢測。

4.2 非變性洗脫 

（1）向磁珠中加入40-50 μL洗脫緩沖液（輝駿貨號為：FI8102），渦旋振蕩20 s，放混勻儀上室溫洗脫10-15 min，渦旋振蕩20 s；

（2）1000 g離心20 s，放磁力架上靜置1 min，收集上清至新的1.5 mL EP管中；

（3）洗脫后的蛋白可直接送輝駿生物進行質譜（MS）檢測。

5 質譜測序

通過質譜（MS）技術對IP洗脫液中的蛋白成分進行鑒定和分析，篩選誘餌蛋白的未知互作蛋白。

6 數據分析

找到關鍵hub蛋白。

 03  送樣建議 

1 只鑒定特定目標蛋白

根據WB結果切對應SDS-PAGE膠上目標位置的條帶，避免切到其他條帶或空白膠。

2 鑒定產物中的全部蛋白

（1）非變性洗脫：酸性洗脫或競爭肽洗脫，洗脫液直接進行液態(tài)酶解和質譜；

（2）變性洗脫：①Loading buffer煮beads，跑膠再全泳道做質譜（因為加了loading buffer的溶液沒辦法直接液態(tài)酶解）；②加PBS煮樣5-10 min洗脫蛋白，洗脫液可以液態(tài)酶解。

3 三種不同的洗脫方法，如何選擇？送溶液好還是膠條好？液態(tài)酶解的肽段回收率高于膠內酶解，因此首選非變性洗脫或PBS煮樣洗脫送樣。但如有以下情況，可以選擇跑膠做質譜：

（1）溶液樣品中含有不易去除且質譜不兼容的物質，比如溴酚藍、高比例甘油、高濃度離子型去污劑（SDS）等；

（2）有嚴重輕重鏈污染，可以跑膠后切除高豐度條帶；

（3）非變性洗脫率較低，洗脫產物的SDS-PAGE幾乎無條帶。

* 注意：（1）膠塊較大或條帶較多時，需要先將膠切成幾份，再分別酶解；（2）充分酶解能夠提高肽段回收率，增加蛋白鑒定數量，但會因此增加酶解費用；（3）如果想降低成本，可以減小膠塊體積，例如跑較短的膠（1-2 cm）或濃縮膠。

04  質譜鑒定*范圍 

輝駿生物可以檢測各種類型的蛋白樣本，例如蛋白溶液、干粉、膠條或斑點等，一次上機可以檢測到高達1000多種蛋白質。以下列舉了可能應用液質聯用質譜（LC-MS/MS）的幾個方向：（1）IP，Co-IP，pull-down類蛋白相互作用樣本（膠條或溶液）的鑒定；（2）細胞器，外泌體等簡單樣本的蛋白質表達譜鑒定（全譜分析）。 

05  質譜鑒定*服務優(yōu)勢 

輝駿生物旨在為客戶提供良好的質譜鑒定服務，可以進行幾乎所有感興趣的研究，如蛋白質組分析、小分子的高分辨率分析、復雜環(huán)境中小分子的定量分析等。

01 近十年服務經驗，眾多服務案例，服務成果得到優(yōu)秀期刊認可； 02 自有互作實驗平臺，對IP、pull-down等微量蛋白的鑒定有十足把控力； 03 可以提供實驗設計、樣品制備、質量控制、質譜處理、生物信息學和統(tǒng)計分析等全套服務內容； 04 質譜儀器先進，操作人員技術成熟，鑒定準確度和靈敏度高； 05 售后技術支持將一直保持到客戶發(fā)表文章，確保客戶安心進行下游實驗及投稿。